En 1995, John lanzó su primera video instructivo llamado “Rock Discipline” y también fue columnista en la revista Guitar World Wild Stringdom. En 1998 y 1999, John lanzó “Liquid Tension Experiment” y “Liquid Tension Experiment 2“, respectivamente, junto con compañeros Mike Portnoy, Jordan Rudess y el inimitable Tony Levin en el bajo. El año 2000 trajo consigo la creación del sello discográfico “Sound Mind Music” cuyo primer lanzamiento fue “An Evening With John Petrucci y Jordan Rudess”, un concierto acústico en vivo instrumental para guitarra y piano grabado en junio de ese año en el Helen Hayes Performing Arts Center en Nyack, NY. En 2001, John se unió a la gira americana de G3 con Joe Satriani y Steve Vai. Actuó como un trío con sus compañero de Dream Theatre Mike Portnoy en batería y el bajista Dave LaRue de la Steve Morse Band. John posteriormente continua con las giras en México y Japón con Joe y Steve ( “G3 Live in Tokyo” fue lanzado en 2005), América del Sur con Joe Satriani y Eric Johnson, Australia, con Joe Satriani y Steve Morse y otra vez en América del Norte en 2007 con Joe Satriani y Paul Gilbert.
En 2005, John lanzó su primer y muy esperado disco en solitario titulado “Suspended Animation” con su propia discográfica Sound Mind Music.
John es endorser de Ernie Ball/Music Man, con varios modelos signature, algunos modelos con la etiqueta BFR Ball Family Reserve con especial elección de las maderas y acabados, DiMarzio (Crunch Lab y Liquifire), Mesa Boogie, Jim Dunlop…
* Various Artists – “Guitar Battle” (1988)
* Dream Theater – “When Dream And Day Unite” (1989)
* Dream Theater – “Images & Words” (1992)
* Dream Theater – “Live At The Marquee” (1993)
* Dream Theater – “Awake” (1994)
* Dream Theater – “A Change Of Seasons” (1995)
* Working Man – “Rush Tribute” (1996)
* Dragon Attack – “A Tribute To Queen” (1997)
* Dream Theater – “Falling Into infinity” (1997)
* Liquid Tension Experiment (1998)
* Explorer’s Club – “Age Of Impact” (1998)
* Dream Theater – “Once in a LIVEtime” (1998)
* Jon Finn Group – “Wicked” (1998)
* Liquid Tension Experiment 2 (1999)
* Dream Theater – “Scenes From a Memory” (1999)
* An Evening With John Petrucci & Jordan Rudess (2000)
* Jordan Rudess – “Feeding The Wheel” (2001)
* Dream Theater – “Live Scenes From New York” (2001)
* Dream Theater – “Six Degrees Of Inner Turbulence” (2002)
* Dream Theater – “Train of Thought” (2003)
* Dream Theater – “Live At Budokan” (2004)
* John Petrucci – “Suspended Animation” (2005)
* Dream Theater – “Octavarium” (2005)
* G3 – “Live in Tokyo” (2005)
* Derek Sherinian – “Blood Of The Snake” (2006)
* Dream Theater – “Score” (2006)
* Marty Friedman – “Loudspeaker” (2006)
* Dream Theater – “Systematic Chaos” (2007)
* Dream Theater – “Black Clouds & Silver Linings” (2009)
Videografía
* Images And Words: Live In Tokyo Dream Theater (1993)
* Rock Discipline John Petrucci (1995)
* Progressive Bass Concepts John Myung (1996)
* 5 Years In A LIVEtime Dream Theater (1998)
* Metropolis 2000: Scenes From New York Dream Theater (2001)
* Mystic Dream Excercise John Petrucci (2002)
* Live at Budokan Dream Theater (2004)
* Live in Tokyo G3 (2005)
* Score: 20th Anniversary World Tour Live With The Octavarium Orchestra Dream Theater (2006)
* Chaos in Motion Dream Theater (2007–2008)